Sau khi bị người Hán đánh bại, người Mông Cổ đã phải rút lui về đất nước mình và nhà Nguyên tiếp tục tồn tại ở đó, được các nhà sử học hiện đại gọi là nhà Bắc Nguyên. Theo quan điểm chính trị chính thống của Trung Quốc, chỉ có thể có một đế chế chính thống duy nhất trên lãnh thổ, do đó nhà Minh và nhà Nguyên ngăn cản sự hiện diện hợp pháp lẫn nhau. Tuy nhiên, các nhà sử học thường có khuynh hướng coi Nhà Minh là triều đại đại diện hợp pháp vì triều đại này do người Hán lập ra.

Sau khi chiếm được Bắc Kinh, nhà Minh điều quân xâm chiếm Mông Cổ năm 1380, và vào năm 1388 đã giành được một thắng lợi quan trọng. Khoảng 7 vạn người Mông Cổ bị cầm tù và Karakorum (thủ đô Mông Cổ) bị tàn phá. Tám năm sau cuộc xâm lược này, ngôi vua Mông Cổ được chuyển sang cho Yesüder, một hậu duệ của Arigh Bugha. Sau khi giúp Mông Cổ vượt qua giai đoạn hỗn loạn, ông trao lại ngai vàng cho con cháu của Hốt Tất Liệt. Trong khi các cuộc xung đột diễn ra ở Trung Quốc, người Mông Cổ về cơ bản nằm trong hệ thống chư hầu của Nhà Minh.